邳州博物馆原馆于1988年11月建成开馆，占地面积4000平方米，国家AAAA级旅游景区。馆藏文物5000余件，分别为青铜器、玉器、陶器、瓷器、石器、骨器、金银器、竹木器、文献档案等类型。

邳州博物馆新馆建设于2003年，2006年开馆，2019年实施布展陈列工程，将文物展示、研学体验、大众观光、休闲购物等功能有机结合。

改造提升后的邳州博物馆，总建筑面积1.3万平方米，展陈面积4000平方米，设有“东夷肇始”“古徐王都”“长河流韵”三个基本陈列展厅，“西晋遗珍”“玉出昆冈”两个专题展厅等，总数超过5000件（套）的馆藏文物，讲述邳州六千年的灵气与风华。